Про альтернативы Стеньки Разина (он, кстати, не самозванец :) ) есть рассказ Логинова, стилизованный под историческое эссе (в первом, кажется, сборнике АИ из составленных Гончаровым, или во втором), но там взятие Москвы только самым-самым краешком.
В повести Гансовского упоминается вариант, где, если не ошибаюсь, герой из будущего даёт Пугачёву автоматы.